Înfrângerile succesive ale armatei române din toamna anului 1916 și înaintarea armatelor Puterilor Centrale spre București au pus problema retragerii administrației centrale la Iași. Orașul Iași era al doilea centru urban al țării, cu o populație de circa 75 000 de locuitori. El prezenta avantajul de a fi plasat geografic mai departe de zona de conflict militar, în apropierea graniței cu Rusia, aliată atunci, și pe un eventual traseu de retragere a autorităților române în afara frontierelor, dacă presiunea frontului devenea prea mare.
Retragerea la Iași a fost un proces început în octombrie 1916 și terminat la începutul lunii decembrie 1916. Guvernul luase în calcul posibilitatea de retragere spre Iași din septembrie 1916, dar nu a existat un plan bine pus la punct. La 11/24 noiembrie, s-a luat decizia de a muta la Iași arhivele instituților centrale, de a convoca, în fosta capitală a Moldovei, Parlamentul și de a trimite în Rusia tezaurul Băncii Naționale. Până la începutul lunii decembrie 1916, au ajuns în Iași atât autoritățile centrale, cât și circa 200 000 de refugiați. Nici guvernul, și nici primăria orașului nu au fost pregătite pentru acest scenariu.
Administrația locală din Iași nu a fost pregătită pentru valul de refugiați și nici pentru instalarea în localuri proprii a instituțiilor centrale, tot așa cum guvernul nu conturase un plan de retragere în vechea capitală a Moldovei, ca măsură de siguranță. Clădirile mai importante și-au schimbat total sau parțial destinația, au fost preluate locuințe ale unor particulari mai înstăriți, iar majoritatea școlilor s-au transformat în spitale pentru răniți. Supraaglomerarea orașului a produs efecte multiple: spațiile de locuire erau greu de găsit și insuficiente, penuria de alimente, răspândirea de boli (mai ales epidemia de tifos), mortalitate mare, distrugerile produse orașului.
Regina Maria nota în Jurnalul ei: „Orașul e plin până la refuz, cu o populație de zece ori mai numeroasă decât cea obișnuită, epidemiile se dezlănțuie din toate părțile, hrana se împuținează, aprovizionarea e aproape imposibilă…”. I. G. Duca descria situația refugiaților: „nu aveau haine, alţii erau desculţi, cerşeau de mâncare, cădeau de oboseală, se îmbolnăveau de frig, mureau pe la porţile hanurilor”.
Primăria a organizat comisii speciale pentru primirea refugiaților și găsirea unor spații de cazare, a ținut un timp evidența privind identitatea și domiciliul celor ajunși și a înființat la gară un Birou de încartiruire, dar numărul mare de persoane sosite la Iași a complicat planurile autorităților locale. Acestea au luate câteva măsuri pentru a împiedica răspândirea bolilor. În anul 1917, a fost înființat la Iași un Directorat General al Sănătății Publice, mai multe infirmerii, atât pentru soldați, cât și pentru populația civilă, spitale și ambulanțe divizionare.
Mai întâi la rugămintea, apoi la presiunile Primăriei, refugiații din Muntenia, Oltenia, Dobrogea au fost găzduiți în casele particularilor, în poduri, pivnițe și dependințe, o altă parte în cămine, internate și cantine, în chiliile mănăstirilor sau în școli; pentru foarte mulți s-au construit barăci din lemn pentru cazare, minim dotate, situate pe malul Bahluiului. N. A. Bogdan nota în amintirile sale: „Case mari sau mici, sau chiar simple odăi, nu se mai găseau nicăieri de închiriat; totul fusese acaparat de primii oaspeți sosiți sau de întâile valuri ale autorităților politice sau militare, ce rechiziționaseră și cartiruiseră tot ce putuseră întâlni în cale”.
Nu au lipsit, însă, nici cei care s-au sustras de la obligații sau care au profitat de împrejurări pentru a-și salva interesele proprii sau pentru a se îmbogăți. Ilustrativă este, în acest sens, evocarea lui Mihail Sadoveanu: „În timp ce unii se înghesuiseră în încăperi insalubre și se zbăteau pentru o bucată de pâine, trotuarele străzii Lăpușneanu erau înțesate de lume elegantă, cu automobile sunând din trâmbiță în fiecare clipă, iar speculanții își vedeau de afacerile lor”.
Situația locativă și cea sanitară precare, mai ales în iarna lui 1916-1917, lipsurile, supraaglomerarea urbană, exploatarea la maxim a infrastructurii, suferințele cotidiene au creat tabloul unei „zone de front în spatele frontului”. Lumea bună a noii capitale și cafenelele murmurând de discuții politice se amestecau cu refugiații în căutarea unui adăpost sau cu răniții sosiți prin Gara Iași la spitalele din oraș. Iar reacția ieșenilor, de acceptare, dar și de respingere, în unele situații, a „musafirilor”, nu putea fi decât firească în fața valului de refugiați, de suferințe și de necesități. Găzduirea timp de doi ani a instituțiilor centrale civile și militare, românești și rusești, a fost un prilej pentru oraș de a exersa capacitatea administrativă și locativă, dar, în același timp, a lăsat urme. Distrugerile produse, deopotrivă de români și ruși, și uzura infrastructurii, care nu fusese proiectată pentru astfel de fluxuri de populație, au fost remediate cu greu de administrația locală după terminarea războiului.
Regina a locuit timp de doi ani în casa Cantacuzino-Pașcanu (astăzi Palatul Copiilor) împreună cu copiii. Regele și-a stabilit reședința în Casa Creditului Funciar (astăzi Muzeul Unirii). Aula Universității a găzduit lucrările Senatului României, în perioada decembrie 1916-decembrie 1917. În mai multe încăperi ale Universității au funcționat Ministerul de Război, Ministerul Instrucțiunii Publice și al Cultelor, Cenzura Poștală, Comandamentul cercetașilor și elevilor refugiați. Teatrul Național a găzduit câteva ședințe ale guvernului României, a fost sediul Camerei Deputaților, între 1916 și 1918, și a Senatului, între 1917-1918. Guvernul Brătianu s-a reunit, mai întâi, la „Clubul Concordia”, de pe strada Ștefan cel Mare, apoi în fostul palat al lui Grigore Sturdza, din strada Lascăr Catargi, și în casa liberalului Emil Costinescu (din str. Asachi, nr. 5). Pentru întâlnirile lor, liberalii mai foloseau salonul de la parter a casei primarului Gh. Gh. Mârzescu, din fața Palatului Universitar, iar conservatorii casa lui Dimitrie Greceanu, din Copou. Ministerele au primit spații separate: Ministerul de Finanțe era stabilit la Administrația financiară, fostul Palat Neuschotz; Ministerul Cultelor și Instrucțiunii Publice la Universitate (parter); Ministerul de Război la Universitate (etaj); Ministerul de Externe la Cercul Militar; Ministerul Justiției la Universitatea Veche; Ministerul Lucrărilor Publice la Școala Gheorghe Asachi; Ministerul Agriculturii și Domeniilor la Epitropia Sf. Spiridon; Ministerul Comerțului și Industriilor în Palatul Camerei de Comerț, din strada Cuza Vodă, nr. 67.
